วัดชลประทานรังสฤษดิ์สร้างขึ้นเมื่อ พ.ศ. 2502 โดยหม่อมหลวงชูชาติ กำภู อธิบดีกรมชลประทาน ไปเยี่ยมชมวัดอุโมงค์ (สวนพุทธธรรม) จังหวัดเชียงใหม่ ได้ฟังการแสดงธรรมของพระปัญญานันทภิกขุ ซึ่งจำพรรษาอยู่ที่วัดอุโมงค์ในขณะนั้น และเลื่อมใสวิธีการสอนธรรมะแนวใหม่ของท่าน จากเดิมที่นั่งเทศนาบนธรรมาสน์ ถือใบลาน มาเป็นการยืนพูดปาฐกถาธรรม แบบพูดปากเปล่าต่อสาธารณชน พร้อมทั้งยกตัวอย่างเหตุผลร่วมสมัย ทันต่อเหตุการณ์ เป็นการดึงดูดประชาชนให้หันเข้าหาธรรมะได้เป็นเป็นอย่างมาก

กรมชลประทานได้สร้างวัดใหม่ขึ้น ชื่อ “วัดชลประทานรังสฤษดิ์” ที่ ตำบลบางตลาด อำเภอปากเกร็ด จังหวัดนนทบุรี เป็นการผาติกรรมทดแทนการเข้าใช้ที่ดินของวัดเชิงท่าและวัดหน้าโบสถ์ซึ่งตั้งอยู่ที่ปากคลองบางตลาด (ปัจจุบันยังคงมีโบราณสถานเดิมของทั้งสองวัด เรียกรวมกันว่า “พุทธสถานเชิงท่า-หน้าโบสถ์”) เพื่อสร้างเป็นท่าเรือของกรมชลประทาน และได้อาราธนาพระปัญญานันทภิกขุ เป็นเจ้าอาวาสใน พ.ศ. 2503

วัดชลประทานรังสฤษดิ์ มีบรรยากาศร่มรื่นทั่วบริเวณวัด มีกิจกรรมทุกเช้าวันอาทิตย์ ตั้งแต่เวลา 9.00 น. โดยมีการสวดมนต์ บรรยายปาฐกถาธรรม และถวายเพลพระสงฆ์ ที่ลานหินโค้ง

ท่านปัญญานันทภิกขุ ได้แต่งหนังสือชื่อ “ชีวิตกับความตาย: ท่านได้อะไรเมื่อไปงานศพ” การจัดงานฌาปนกิจศพที่วัดชลประทานรังสฤษดิ์ จะเป็นไปอย่างเรียบง่ายต่างจากที่อื่นๆ มีเพียงการบรรยายธรรม ไม่มีการเลี้ยงอาหาร การแสดงมหรสพ และงดพวงหรีด